и еще как вариант: второй пользователь сменил текущий проект? Сейчас у него будет доступно два проекта: свой и общий и оба будут называться "Моя бухгалтерия". Для наглядности лучше их назвать по-разному.

А права на счета дали? Кроме прав на сам проект нужно еще указать, какие счета будут доступны другим пользователям (в свойствах счета)

Для того, что бы другой пользователь получил доступ к вашему проекту, нужно явно дать ему такое право в настройках вашего проекта.
Более того, нужно еще дать права на общие счета.
По умолчанию у других пользователей нет никаких прав на ваши проекты и счета.

Вы делаете возврат долга в другом долговом денежном потоке. Баланс "мне должны/я должен" - это сумма остатков по каждому долгу.
Получается, что вы не закрыли один долг и создали новый долг для того же контрагента. В вашем случае я бы все эти долги по этому контрагенту объединил бы в один.

Да, "потоки" не всем понятны сразу. В остальном, я думаю, сложностей не должно быть. Потоки можно воспринимать как группу операций. А можно о них вообще забыть и не использовать. В базовом тарифном плане их не будет (как и контрагентов и проектов).

Обучающее видео думал сделать, но в данный момент приоритет - запустить планирование и бюджетирование. Если после прочтения справки есть конкретные вопросы, то всегда готов ответить.

Да, такого пока нет. После реализации планирования и бюджетирования добавлю такую функцию.